1993年2月5日，以王靖雯名发行粤语专辑《执迷不悔》，专辑曲风有灵魂乐式的演唱色彩，造型前卫，浓重的妆容，主打歌《执迷不悔》是她首次尝试歌词创作，而执迷不悔更是她个性的真实写照，并让王菲获得香港十大中文金曲奖、十大劲歌金曲。

1993年，王菲回港，并发表了《十万个为什么？》，虽然封面署名还是“王靖雯”，但她已经越来越多地以“王菲”本名面对媒体，也会以本名出现在词曲作者中。

1994年4月，发行首张国语大碟《迷》，第二周登上台湾金曲龙虎榜国语销量榜冠军，并在前十名停留14周。主打歌《我愿意》被众多歌手翻唱，是被翻唱成最多外国语言的中文歌曲。台湾累计销量突破80万，上半年以45万的销量成为女歌手销量冠军，亚洲累计销量突破200万张。

1994年6月，推出粤语专辑《胡思乱想》。王菲将英伦元素融入之中，开创了香港英伦音乐主体风格的新纪元，大碟以不全的汉字为封面。王菲在改编歌曲《梦中人》中大量使用咽音技巧，并成为后来其标志性唱腔。专辑获香港IFPI唱片销量榜3周冠军，并在前十名停留7周，在港销量累计破三白金15万张。

1994年11月，发行第二张国语大碟《天空》，唱片推出第二周便登上台湾金曲龙虎榜国语销量榜冠军。在主打歌《天空》中王菲展现了空灵通透的声线，该专辑也成为众多专业发烧士试音首选。《棋子》是香港电台冠军歌曲，清唱开头的《矜持》和拖音吟唱的《天使》，亦清新脱俗。《天空》在台湾金曲龙虎榜销售榜前10名停留23周，台湾年度销量近80万张，台湾累计销售点数78660点，台湾累计销量冲破100万，全亚洲累计销量突破350万张。

1994年12月，发行粤语大碟《讨好自己》整体凸显英伦风格，王菲在专辑中全面展现她特立独行，无拘无束的个性，并首次尝试作曲，创作了《讨好自己.》和《出路》。张亚东写了《飘》，该专辑在香港IFPI唱片销量榜前十名停留10周。香港累计销量突破三白金。

1995年，发行翻唱专辑《菲靡靡之音》，王菲用自己的风格和全新的编曲去演绎。专辑在台湾金曲龙虎榜国语销售榜前10名停留16周。台湾累计销量达70万张，香港达双白金逾10万张，在香港IFPI唱片销量榜前十名停留8周。新加坡逾6万，亚洲累计销量突破250万，该专辑是新加坡年度女歌手销量冠军。

1995年12月，推出粤语专辑《Di-Dar》，第二周登上香港IFPI唱片销量榜冠军，并在前十名停留10周，在港累计销量冲破三白金15万张。林夕作词9首是他首次大批量为王菲作词。王菲创作了《Di-Dar》和《假期》。专辑风格英伦迷幻，编曲精致、醇厚，富概念意味。《暧昧》，《迷路》，《流星》等5首歌雄霸香港四大排行榜获得冠军，Di-Dar（香港四台冠军），假期（双周冠军 ）。《Di-Dar》也成为产生冠军单曲最多的粤语唱片。这张专辑是王菲最后一张粤语专辑，从1996年开始王菲再没有推出粤语专辑，只是在每张国语大碟中象征的加入一两首粤语歌曲，此后的她更是将影响范围辐射至香港以外的台湾，新马，日本等整个亚洲地区。

1996年5月，发行国语大碟《浮躁》。王菲彻底抛弃商业考虑，《浮躁》是王菲最圆满的艺术尝试。张亚东监制全辑，专辑以王菲自由自在的状态为主导概念，刻意淡化了歌词的作用，歌曲吟唱则用简单重复的音节强化标题模绘的况味，于是成就了这张完全由“意识”或“潜意识”主导的概念专辑。在这张专辑中，没有一首抒情商业化歌曲，整体氛围统一，但在那个年代，这张作品过于偏离了华语乐坛的传统，导致销量不高。但其开创性在国外却大受褒扬。王菲因此登上了美国《时代》杂志封面。

1996年，王菲录制了《玩具》和《自便》两张EP，其中收录的歌曲是王菲于1996年在新艺宝公司录制了10首粤语歌曲，因为王菲怀孕，结婚，导致不能进行唱片宣传，再加之与新艺宝的合同到期，新艺宝便一张专辑的歌曲打散出版于两张EP中，以对抗王菲之后所签约的百代公司。

1997年，王菲生下窦靖童后，正式以签约费6000万港币与百代唱片签约，王菲的要求是：不再出粤语专辑。同年，她在百代的首张国语专辑《王菲》推出。此张专辑中 ，张亚东同样监制了三首，分别为 《你快乐（所以我快乐）》、《闷》和《怀念》。由于专辑缺少粤语歌的支撑，发行时也正逢亚洲金融危机，此唱片在香港的销量并不尽如人意，但在台湾却卖出50万张以上。掌握王菲早前歌曲版权的新艺宝推岀精选集《菲卖品》与之对抗，销量甚至超过了这张《王菲》。

1998年春节，王菲与那英在春晚合唱一曲《相约1998》，让这首歌成为1998年的大热。1998年秋，王菲推出《唱游》，整体风格比上一张大气活泼很多，声线也一扫之前的慵懒风格，大肆运用美声、颤音、拖音、假声、气声等技巧。

1998年9月，推出全新大碟《唱游》，专辑中王菲大量运用美声、颤音、拖音、假声、气声等技巧。专辑概念定位天马行空，无拘无束。王菲谱曲四首歌：《感情生活》，《脸》，《小聪明》，《童》。《脸》中美声唱法和自己的独特声线交错，林夕灵光浮动的好词于王菲口中更恍如天籁！《红豆》（粤语版《偿还》）红透华人世界，adrian chan作曲的《情诫》上榜首周即成为香港四台冠军歌曲。专辑在香港IFPI唱片销量榜前十名停留8周。蝉联马来西亚RIM中文唱片销售榜7周冠军销量逾10万张，是1998年马来西亚女歌手销量冠军，在新加坡SPVA销量榜前十名停留6个月，是1999年度新加坡专辑销量冠军。日本销量破15万，亚洲累计销量超过250万张。

1999年2月，单曲《Eyes on Me》在日本发卖，并打入日本Oricon销量榜第九位，在日劲销35万，成为日本外语唱片销量冠军，夺得“日本金唱片大奖”创造了华语歌手在日本最高排名和销量纪录，该碟在台湾IFPI单曲销量榜蝉联5周冠军。

1999年9月，发行国语大碟《只爱陌生人》。大碟在香港IFPI销量榜蝉联双周冠军，新加坡年度销量冠军大碟。亚洲累计销量超过200万张。

2000年，发行国语专辑《寓言》。这张专辑割裂为两部分：前5首用复杂宏大的编曲和沉重的背景乐表达了一个完整的概念；后5首中也有流行度很高的“笑忘书”。“寒武纪”厚重的风格类似电影配乐、“新房客”偏向明快的电子风格。《寓言》曾获选为台湾中华音乐人交流协会2000年10大专辑，主打歌曲《笑忘书》成为2000年十大单曲。

2001年，王菲推出在EMI最后一张的中文唱片《王菲》，与在百代的第一张《王菲》同名。这次，王菲开始尝试与各地音乐人进行合作，包括新加坡的蔡健雅，台湾的伍佰和深白色，内地的三宝、金武林，以及香港的人山人海，谢霆锋为她创作的《迷魂记》也收录其中。这张专辑得上是王菲曲风最多元化的一张。专辑发布后，销售开出红盘，在日本的最高成绩是Oricon专辑销量日榜第14位。10月和11月，王菲再次登录日本，在大阪与东京武道馆召开全面体演唱会。

2002年，王菲与Sony Music签下四张唱片的合约，并在2003年推出新专辑《将爱》，在这张专辑中，王菲放弃了与香港人山人海班底的尝试，亦没有再继续两岸三地+新加坡“大杂烩”道路，由她自己和张亚东担当唱片监制。她写了《将爱》、《不留》、《阳宝》、《四月雪》的四首曲，张亚东也贡献了电子乐风浓厚的《夜妆》和《烟》。离上次《王菲》（1997年）翻唱CocteauTwins时隔7年后，王菲再次翻唱欧美歌手，这次将目光投向了瑞典歌手Sophie Zelmani，原曲被改编为《乘客》及粤语版《花事了》。跟上一张专辑相同，这张专辑中依然收录了谢霆锋的一首创作《MV》。除了《将爱》的摇滚风格，整张唱片的编曲方向从百代时期的绚烂缤纷转向了内敛澄净，仿佛也预示着她已向往清平无心在娱乐圈恋战。

2003年底，王菲再于香港红磡体育馆连开8场《菲比寻常》演唱会，随后的2004年至2005年在上海、西安、北京、杭州、台北、广州等地召开巡回同名演唱会。虽然没有再推出新专辑，但王菲在电影方面却开始活跃，接连出演了《天下无双》、《大城小事》和《2046》等。而且也为《天下无双》、《英雄》、《我爱你》和电视剧《笑傲江湖》演唱了主题曲。

2005年5月底，王菲的经理人陈家瑛向媒体表明：王菲已开始“无限期休息”，而张亚东也对媒体透露，她已经不打算再唱歌了。

2008年至2009年间，已经宣布“无限期休息”的王菲进行了两次登台表演。第一次为2008年5月18日晚，她参与央视为汶川大地震募捐的赈灾晚会，与陈奕迅、杨乃文、阿牛一起合唱《但愿人长久》。第二次是在2009年5月8日晚，王菲参加陕西法门寺合十舍利塔落成暨佛指舍利安奉大典的大型文艺晚会彩排，现场演唱歌曲《心经》。这场大型晚会第二日正式演出时因天气原因被迫取消。