然而，刘铭传的改革是在当时已经腐烂透顶的清政府支配下进行的。在其推行过程中，他遇到了来自各方面的种种阻力。因此，尽管他很想有所作为，也做出了巨大的成绩，但还是有不少人对他进行掣肘、攻击与诬蔑，迫使他不得不于1891年告病辞官而去。继任的台湾巡抚邵友濂眼光短浅，思想僵化，尽废刘铭传新政，清代所实行的惟一有计划、有成效的改革就此夭折了。1896年，刘铭传在家病逝，清追封太子太保，谥壮肃，准建专祠。
有人说刘铭传“倡淮旅，练洋操，议铁路，建台省，实创中国未有之奇”，而其最伟大的成就，最值得后人景仰的事功则为“建台省”—— 建设一个近代化的台湾。
