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史可法死了，马士英死了，活下来的人论辈分和资历，数得上的就是钱谦益了。清政府看中了这一点，于顺治三年(1646年)正月下诏封他为礼部侍郎管秘书院事，并兼任《明史》副总裁。在清朝中央供职的时间里，钱谦益目睹了满人的嗜杀本性和无数汉人志士的宁死不降，再加上别人对他绵绵不断的羞辱和耻笑，使他内心所剩不多的良心开始觉悟。
当年六月，他就称病回家，秘密投身于反清复明的洪流之中。譬如顺治三年冬，好友黄毓祺反清起事，急需钱粮，希望他能慷慨解囊。钱谦益二话没说，马上照办。不料事情败漏，钱谦益被捕入狱。出狱后，他“贼心不死”，又从顺治七年起，多次冒险赶赴金华，策反总兵马进宝。此间，他多次入狱，但始终不改其志。在行动之外，他还用自己的笔鞭挞满人，咒骂其为“奴”、“虏”、“杂种”等等，大力颂扬抗清志士的英勇事迹，与之前那个贪生怕死的钱谦益判若两人。
这种现象看上去很难理解，其实总结出来就两个字—本性。就如同钱谦益当年背叛东林党、背叛自己的信仰一样，他始终追求的无非是心灵上的一种安慰和平衡。当初，他一身正气投入官场为的是实现人生理想，居相位成就一番兴国安邦的事业。为此，他苦苦等了30多年，最后一刻，他为了给自己的人生一个交代，所以抛弃了做人的底线，投靠奸党。但钱谦益骨子里是个文人，血液中时刻流淌着文人的名节和清高。
当他做过南明宰相，满足了虚荣心之后，他的良心开始极度空虚。同乡的指责、世人的鄙夷，他无法做到充耳不闻。因此，晚年的他明知有杀头的风险，依然奋力抗争，不仅多少安慰了自己的良心，也赢得了吕留良、黄宗羲等人的原谅，赢得了历史的原谅。
公元1664年，南明宰相钱谦益病死家乡，身后留下《初学集》、《有学集》等多部著作，被黄宗羲、顾炎武等尊为“文章宗主”。说到底，他最在行的还是做学问。
