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解剖学95.3分
组织学73.7分
生理学65分
伦理学83分
德语60分[6]
物理60分
化学60分
平均65.5分，全班第68名(班上同学142人)
总成绩正如鲁迅在《藤野先生》文中的自述：“同学100余人之中，我在中间，不过是没有落第”。对此班上部分同学认为是“上年解剖学试验的题目，是藤野先生讲义上做了记号，我预先知道的，所以能有这样的成绩。”1994年，渡边襄发现成绩算错：生理学上学期60分，下学期75分，单科学年平均65分，不是63.3分，学年总平均65.8分，学年平均83分的伦理学等第登录成丙等。
鲁迅后来作有《藤野先生》，对这篇作品也非常重视，1935年日本岩波书店要出《鲁迅选集》日本语译，他要求执行选集编译工作的自己的学生增田涉：“我看要放进去的，一篇也没有了。只有《藤野先生》一文，请译出补进去。”鲁迅身后，藤野也发表《谨忆周树人君》一文回忆鲁迅留学生活。
鲁迅在医校学习一年以后，便从学校退学。他本人在《藤野先生》一文中提及此事，称自己是因为受到一部日俄战争的纪录电影片里，中国人围观日军杀害中国人情节的刺激，认为“救国救民需先救思想”，于是弃医从文，希望用文学改造中国人的“国民劣根性”。据永田圭介的专著《秋瑾——英雄女侠传》记载，在1905年秋瑾回国前，曾在陈天华追悼会上对反对回国的鲁迅许寿裳等人痛骂，还拔出了随身携带的日本武士刀厉声喝道：“投降满虏，卖友求荣。欺压汉人，吃我一刀。”
在当时，一般的读书人走的是三条道路：其一是读书作官的道路，再者，当不上官的还可以去做某一个官僚的“幕友”(俗称“师爷”)。倘若前两条道路都走不通，还可以去经商。鲁迅走的则是为当时人最看不起的另一条道路：进“洋学堂”。这在当时的中国，是被一般人视为“把灵魂卖给洋鬼子”的下贱勾当。
