朱元璋在正式建立明朝后，即以峻法严刑治理邪教。朱元璋登基不久，便明令禁止各民间教派的活动。但是白莲教等教派活动并没有止息，它遍布大江南北，成为整个明朝最为严重的社会问题之一。
白莲教不仅仅作为下层民众反抗政府残暴的组织形式，它表现出的形态要复杂得多。白莲教的分支很多，众多的支派系别也从来没有统一过，它们从活动内容、方式到对统治者的态度往往各有千秋。一些支派仍被民众用为对抗现行秩序的工具；一些教派的首领则发生蜕变，把白莲教作为敛钱致富和实现政治野心的工具加以利用，甚至走向社会上层；更为可悲的是还有一些白莲教派，在“边寇”窥视中原时，充当奸细，沦为民族败类。
