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剃发对当时的汉人而言，心理上是难以承受的。“身体发肤受之父母，不可损伤”，这是千年以来形成的伦理观，也是一种根深蒂固的思维方式。剃发不仅有违传统，也被视为一种侮辱。因此这项政策不仅遭到了传统知识分子的抵制，也激怒了下层民众。于是，本已逐渐平静的江南又骚动起来了。乙酉年六月二十四日，各地相继骚乱，地方官和民众纷纷揭竿而起，嘉定总兵官吴志葵响应，逐走清政府派来的县令，占据了城市。当时，李成栋正在追剿占据崇明的明军残余势力，闻讯从吴淞回兵镇压，嘉定第一屠开始。
七月初一，两军会战，当地的“乡军”虽集合了十几万人，但都是平民百姓，熙熙攘攘，拥挤堵塞，属乌合之众，毫无纪律，更谈不到组织和战斗力了，李成栋虽只有不足五千兵力，但均为装备精良、训练有素的精兵。一开战，李成栋以骑兵冲击，乡兵即四散奔走，自相践踏，被打得落花流水，大败而回。李成栋以大炮攻城，“终夜震撼，地裂天崩，炮硝铅屑，落城中屋上，簌簌如雨”。初四嘉定城破，李成栋下令屠城，放部下大肆劫掠屠戮，大屠杀持续了一日，约三万人遇害，“自西关至葛隆镇，浮尸满河，舟行无下篙处”。
白色恐怖并未吓倒民众，李成栋一走，四散逃亡的民众又再度聚集，一位名叫朱瑛的反清义士率50人进城，纠集民众，又一次控制了嘉定。“乡兵复聚，遇剃发者辄乱杀，因沿路烧劫，烟焰四路，远近闻风，护发益坚”。李成栋遣部将徐元吉镇压，因嘉定居民闻风逃亡，这一次的目标主要是城郊，“数十里内，草木尽毁。时城中无主，积尸成丘……民间炊烟断绝”。尤其是外冈、葛隆二镇，因为组织乡兵进行了抵抗，几乎被烧杀殆尽。此为嘉定第二屠。
第二次屠城也未能削弱民众的反抗意志，抵抗的余波还在继续。八月二十六日，原南明总兵绿营把总吴之藩造反，此人本是吴淞守军将领冯献猷部下，随冯投降了李成栋。吴之藩率余部反攻嘉定城。城内清兵猝不及防。城内民众纷纷奔至吴军前，“踊跃听命”。然而，吴军乃乌合之众。清兵反扑之时，“一时溃散”。清兵拥入城内，李成栋恼怒，嘉定也再遭浩劫，城内外又有两万多人被杀，这是嘉定第三屠。
自闰六月初嘉定人民自发起义抗清，两个月内，大小战斗十余次，民众牺牲两万余，史称“嘉定三屠”。三次屠杀，死者无数，繁华都市，化为废墟。
当时，清朝是满族建立的政权，而中原地区是一个以汉族为主体的国家，中原汉族政权历来视少数民族为“夷狄”，清朝入主中原在一些汉族文人心目中等于“亡国”。清军入关之初又实行屠城、圈地政策，并长期对汉人进行民族压迫与歧视，这无疑在汉人心目中烙下深深的印记，但是历史上汉族政权与少数民族政权之间都曾发动过对对方的非正义战争，给双方人民带来了深重的灾难，这一历史教训应当让我们更加珍视现在民族团结的局面。满族并不是异族，满族入主中原并不是侵略和殖民。满族的发祥地早在战国时期就被纳入了中原政权的版图乃是中华民族大家庭的一员。中国五千年的文明史是汉族和各个少数民族(包括已被同化和消失的民族)共同创造的。作为现代人，应该看到民族大融合给中国带来的积极意义，而不应该长期沉溺于历史的恩怨与伤痛中不能自拔，更不能再用狭隘的大汉族主义观念去看待清史。
