秘密航线剧情解析:
火龙沉船成为牺牲品 冯振山反叛险被杀
时局动荡，水龙帮要想生存下去，是时候做出选择了，雷火想要暗中帮助共产党，福建解放后也许还能有一条生路，水老鼠撺掇雷火去寻找水龙帮的金库，只要有金库，就不用担心福建解放后大家没活路了，水老鼠拿出火龙号的建造图，他认为金库很可能一直都在火龙号的夹层里。
徐站长将
夏天海调出谍报行动组，让其到档案室负责整理和销毁资料，朱四标成为行动组组长，负责紫石英计划的实施，朱四标觉得夏天海失去了站长的信任，对其冷嘲热讽。
夏天海来参加柳梅香的葬礼，他表示被徐站长调出了行动组，也是远离了行动组的勾心斗角和腥风血雨，
谢一航想要趁夏天海失意，将他拉拢到共产党的一边。
共产党很快就要打到福州了，徐站长急着撤离福州，转移至厦门，在此之前还有一大堆善后问题没有解决，徐站长担心水龙帮和共党联手，会影响到紫石英计划，让夏天海在三日之内灭了水龙帮，再对付飞鹰寨。只要紫石英计划一上手，徐站长就会立刻撤离福州，转移至厦门，而朱四标是徐站长逃离福州的垫脚石。
之前冷风和共党联手抢军火时，打伤了穿山甲，穿山甲负伤回到飞鹰寨，说出了冷风和共党联手的事情，南山霸要求谢金虎亲手杀了冷风，以表忠心，谢金虎下不了手，冷风抓着谢金虎手里的刀，刺进了自己的胸膛，冷风以自己的死，保住了谢金虎。
水老鼠接到夏天海的命令要杀了雷火，于是在火龙号的夹层里点燃夺魂香，并在金砖上涂了木兰草，这两种香味混合在一起就是致命的毒药，水老鼠将雷火骗到火龙号的夹层里，雷火果然上当，中了剧毒。
水老鼠在火龙号上涂满了松油，想要将雷火和火龙号一起毁了，火龙号是叶纹龙一生的心血，也是水龙帮最重要的宝贝，雷火求水老鼠不要毁了火龙号，水老鼠毫不留情的放了火，火龙号就这样在一片大火中沉船了。
谢一航急着运货，但碰巧没有可用的货船，这时吴队长雪中送炭，说自己有个朋友的船，今晚到达码头，正好可以用，谢一航觉得这有些太巧合了，不太敢用，吴队长答应亲自押船，谢一航才有些许放心。
水老鼠回到保密局，朱四标给他安排了新的任务，跟在夏天海身边，随时监视。
晚上吴队长和谢一航押船，朱四标和夏天海带着特务上船搜查货物，夏天海暗中掩护了谢一航的货，朱四标只搜到一船的红酒和一些珠宝，并无军火，只能撤退。
冯振山带着一份秘密资料跟李绍荣约定见面，却突然说资料有问题，抢过资料扔了出去，资料随即爆炸，躲在暗处的方经理冲着李绍荣开枪，李绍荣受伤，在李绍荣护卫的掩护下，冯振山带着李绍荣撤离爆炸区。
冯振山将李绍荣扶到自己家里，谢一航正等在那里，李绍荣看着冯振山想说什么，却一句也没说出口，就过世了，谢一航担心李绍荣的尸体留在冯家，会给冯家带来灾难，匆忙将李绍荣的尸体转移走。
谢一航发现李绍荣的伤口根本不像逃跑时中枪的样子，反倒像是受伤后有人补枪，而冯振山的身上有很浓的火药味，说明他刚刚的确有开枪，很可能是冯振山故意演的苦肉计，杀掉李绍荣并博取共党信任，冯振山称赞谢一航观察力入微，两人同时举起手枪。
冯振山向谢一航坦白，他就是一直以来被徐站长利用，出卖共党的叛徒，为了
冯雅琴，他也在一直掩护这谢一航和秘密航线，现如今他已经是个罪恶满营的人，死不足惜，现如今冯雅琴应该已经登上了去伦敦的飞机，冯振山再也没有什么可怕的了，于是他准备开枪自尽，这时冯雅琴冲过来拦住了冯振山，原来她在登机前一刻反悔了，并未去伦敦。
冯振山跟谢一航交代，从去年开始，徐站长就让他暗中给一些人制造新身份，这些人都曾是国民党特务，原本的身份是福州本地人，徐站长的目的是在自己转移至厦门后，让这些本地特务回乡继续潜伏，这份回乡人员资料就藏在恒通银行的保险柜里，钥匙在徐站长手里，另一把冯振山交给了银行行长。
冯振山说自己身边有一个保密局的王牌杀手，有这个杀手在，他无法展开任何行动，谢一航答应动手帮他除掉这个杀手。
冯振山和冯雅琴乘坐前进号，方经理准备上船暗杀冯振山，谢一航躲在冯振山的包厢里，袭击了方经理，方经理逃出包厢后，冯雅琴在走廊拿枪指着方经理，和谢一航前后夹击，方经理无路可退，坦白自己的身份。
