在之后的战斗中，秦琼以勇悍屡立战功，授建节尉，成为张须陁一个方面军的将领。隋大业十二年（公元617年），张须陁讨伐瓦岗李密于荥阳，不幸中伏身死。秦琼率残部投靠了隋河南道讨捕大使裴仁基。大业十三年，裴仁基遭监军御史构陷，裴遂率众以虎牢关投归了李密，秦琼也随裴仁基归了李密。
秦琼为人忠义，深得李密信任，授统领内军的骠骑将军。内军是作为李密卫队从军中挑选的八千精兵，李密常说：“此八千人足当百万。”在一次与宇文化及于黎阳童山（今河南浚县）的大战中，李密被流矢射中，坠马后不省人事。李密的随从早已四散，幸得秦琼拼死相救，召集部属，击退敌军，方保住了李密一命。
