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南书房只是康熙旧时读书的地方。康熙在重建内阁和翰林院的同时，又设立了自己的内廷秘书班子，人员从翰林中选出，称南书房。南书房位于禁宫乾清宫斜对面的右阶下，距离皇帝寝殿很近，南书房又称“内廷翰林”。它不是正式机构，没有固定编制，人员流动很大，专为皇帝服务。入值南书房的翰林既为皇帝反映下情、口传上谕，有时也陪皇帝察访民情，公私兼顾。
雍正朝设立的军机处，就是入值南书房多年的张廷玉秉承皇帝旨意建立的。军机处的全称是“办理军机事务处”。后来军机处的职能扩展到了军政财各个方面，与实际操办的事务差距越来越大。军机处作为皇帝的机要机构一直存在到清灭亡前夕。和南书房一样，军机处也是非正式机关，属于临时性差遣。军机处最具体、最重要的职能就是草诏，取代内阁票拟，而且就是在皇帝身边奉旨草拟，皇帝阅定后就可以立刻颁发。大臣奏折也由军机处抄录存档。但是军机大臣只是秘书参谋，只作建议而不能下令，一切命令必须通过皇帝。
在古代官员制度中，还有“吏”这个庞大的群体，值得关注。胥吏是官府中专门办理文书的低级行政人员。如果说官员是决策者，那么吏就是执行者。命令下达后，具体事情就摊派到吏身上，由他们去完成。吏的数量超过官的数量。吏里既有幕僚，他们是国家公职人员，国家给他们发俸禄;还有一些被称为幕友，则是由地方官私人聘请的，他们没有编制，工资也是由地方官私人支付。像师爷就属于吏。
在古代，好的吏可以入官，叫“流外入流”;清代以后，吏表现突出，国家可以赏一个官给他;或者自己捐一个官。吏的工资究竟从哪开出来呢?一名得力的吏，一年工资可能得上万两银子，这就得从“仓耗”“火耗”这样一些名目中来获得了。
秘书省是掌管经籍图书档案的政府机构。最早出现于汉，秘书监隶属于太常寺，掌禁中图书秘文，故曰秘书。曹操时置有秘书令，曹丕建魏后改为中书监、令，另置秘书监专掌图书考订。晋置秘书寺，掌中外二阁图书，梁武帝改寺为省，隋唐沿袭旧制。秘书是国家图书馆和档案馆的工作人员，其中不乏饱学之士。
明代时，秘书迎来了一次好机遇。在朱元璋罢中书废丞相后，六部直接向皇帝负责。皇帝每天要看二百多份奏章，处理四百多件政事。忙不过来，于是朱元璋便把目光投向了年轻有为但品级不高的翰林近侍身上，设置殿阁大学士。大学士其实就是皇帝的近臣秘书。
我们都知道尚方宝剑，但尚方其实是古代制办和掌管宫廷食器物的官署。秦代就设置了，属于九卿中的少府，秦汉时少府下属有尚方令、尚方丞，负责制造皇帝的刀剑等珍贵器物。汉末还分中、左、右三尚方。唐代时称尚署，元代有中尚监，明朝时废除。清代时又出现了，叫尚方司。
