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自秦时设立的丞相制度到明代朱元璋时画上了句号。朱元璋是怎么启动机构改革的呢?
朱元璋称吴王时，还没有动这个心思，而是仿照元制设立中书省，作为自己政权的基础，还设置了掌军权的都督府和负责监察的御史台。丞相统率百官，领导礼、户、刑、工四部。等到1368年，朱元璋称帝时，他又在四部基础上设了吏、兵二部，六部是中书省的办事机构。
当时，丞相总揽全国行政，可谓是一人之下，万人之上，皇帝的诏书都必须由中书省颁发，朝臣奏议也必须由中书省呈达皇帝。中书省权力的增大，军权架空，让朱元璋感到了威胁。洪武十三年正月，丞相胡惟庸“谋大逆”案发，受牵连被诛除的各级政府官吏达3万余人，朱元璋就此发布了《废丞相、大夫，罢中书诏》，罢除中书省，不设丞相，六部尚书归皇帝直接领导。“这样，皇帝实际上兼任了丞相的职责，既为国家元首，又为行政首脑。”武黎嵩说。
明朝另一项改革是出现了内阁。永乐年间，朱棣夺得帝位后，宫中形成比较稳定的参议机构，用来弥补废丞相后中枢决策留下的空缺，这个机构就是“内阁”，性质其实就是内廷秘书班子。永乐十八年，朱棣迁都北京，内阁就设在紫禁城午门内东南角的文渊阁。
代皇帝草诏批文件是内阁的重要权力。“这叫‘票拟’，内阁学士用贴纸的方式对官员的奏章发表处理意见，协助皇帝决策，但是下发给官员必须经过皇帝的‘批红’，皇帝将意见抄一遍才有效力。”武黎嵩说。
明朝内阁大学士的入选一般必须是翰林出身，所以翰林院成为明代士人进入内阁的进身阶梯。翰林院和内阁都是御用文秘机关，内阁专掌机密决策，翰林则逐渐与朝政机密远去，成为单纯的文秘机关。
那么，内阁一直是当权派吗?别忘了明朝还有著名的宦官机构。明朝宦官机构不断调整增加，朱棣迁都北京后定制为二十四衙门，包括十二监、四司、八局。武黎嵩介绍，十二监是十二个宦官领掌的内侍衙门，各置太监一员，下面还有其他品级的宦官。因为内侍衙门称“监”，其长称为太监，以后，“太监”就成了宦官的代名词。其中司礼监是二十四衙门之首，权力最大。司礼监是内廷总管，掌管宫廷事务，掌印、秉笔太监等掌管批红、传宣谕旨。
宣德年间，皇帝懒惰，奏本大多由司礼监代笔，后来太监甚至可以改动内阁票拟的内容，旨意究竟出自于皇帝之手还是秉笔太监之手，无从核对。后期皇帝索性不上朝了，太监改动旨意愈发大胆，宦官代皇帝批红得以专制朝政。
清宫剧中，南书房和军机处常被提及，它们都是清代的“首创”，只是并不像我们想的那么“正统”。
